O datu založení Horní Cerekve se nedochovaly žádné přesné historické záznamy. Původní osadu založil jistý Líček a po něm dostala jméno Líčkovice. Později byla osada pojmenována po kostele, původně dřevěném - cierkev. Osadu rozšířil ve 14. století Dobeš z Bechyně, nejvyšší maršál Království českého. Ten udělil Cerekvi určitá práva - právo městské, orgány městské správy, soudní pravomoce, kulturně školské povinnosti v rámci církevních zásad, jakož i právo opevnit se a tím se stala osada městem. První zachovaný písemný doklad o městě je z roku 1361. Dobeš z Bechyně zde vystavěl na břehu největšího rybníka vodní tvrz s příkopy.
Historie hornocerekvického panství je velmi rozmanitá, vystřídalo se zde dvanáct různých vlastníků, z nich nejslavnější byl rod Léskovců - rod s velkým politickým rozhledem a mocenskými ambicemi. Za jejich vlády v letech 1411 až 1655 se stala Horní Cerekev centrem řešení vládních problémů a hospodářských otázek. Po nejstarším známém členu rodu Léskovců Janu byla pojmenována Cerekev Léskovcova Superiori (Horní). Jan Léskovec ml. byl například císařským dvorním radou, vrchním soudcem a finančníkem pánů z Hradce a Rožmberka. V roce 1583 byl jeho rod povýšen do panského stavu. Roku 1655 však cerekvičtí Léskovcové vymírají po meči.
Posledním rodem, který panství hornocerekvické vlastnil byl rod německého knížete Antonína Karla Hohenzollerna. Z jeho vnoučat byla Stefanie portugalskou královnou a Karel Ferdinand byl králem rumunským. Rod Hohenzollernů vlastnil panství až do roku 1945.
O správné podobě znaku obce se vedly dlouhé diskuze. Zakladatel osady Líček vynikal velkou silou a holýma rukama hravě chytal divoká zvířata. Svou sílu symbolicky znázornil obrazem kančí hlavy, kterou přijal do erbu. Na dochovaných pečetích se však hlava podobá více medvědu. Konec diskuzím zda kanec či medvěd učinil v červnu 1998 podvýbor pro heraldiku Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, který rozhodl, že znak Horní Cerekve bude mít následující popis:
v červeném štítě čelně hledící kančí hlava přirozené barvy, nad ní kosmo položené stříbrné vidle-podávky, přeložené zlatým klíčem zuby dolů.
Nejnovější kapitolou historie Horní Cerekve je povýšení Parlamentem České republiky, předsedou poslanecké sněmovny Václavem Klausem, obce Horní Cerekev do městského stavu a to 27.října 2000.